La Costa Pacífico de México cuenta con una diversidad inmensa, desde acantilados llenos de cactus hasta selvas tropicales, playas desiertas, montañas y lagunas. Se dice que tiene la misma latitud que la Isla de Hawai, con una temporada lluviosa de solo cuatro o cinco meses, desde julio hasta octubre.

Los bosques de la Costalegre cuentan con selvas tropicales abundantes, que albergan más de 700 especies de vertebrados y casi 1,200 especies de plantas. Uno de los ecosistemas más amenazados del mundo también se encuentra aquí: los manglares que existen dentro de las lagunas, ríos y arroyos de la Costalegre.

Los manglares de la costa, como las 21 hectáreas en La Manzanilla y un pequeño sistema dentro de los terrenos de Boca de Iguanas, son parte de un ecosistema complejo y frágil que vinculan especies terrestres y marítimas en una compleja red de vida. Una amplia variedad de plantas, insectos, aves, mamíferos y reptiles viven en las aguas aledañas a los mangles y se protegen en sus enramadas. El suelo profundo, húmedo y ácido está repleto de proteínas y es muy productivo. Varias comunidades de invertebrados se alimentan con la materia orgánica depositada en los manglares.

Los árboles dentro de los manglares cuentan con la característica única de poder remover el exceso de salinidad del agua en el que viven, permitiéndoles vivir dentro del agua salada, como lo es el proyecto de Boca de Iguanas. Debido a su crecimiento tan cercano, sus raíces y ramas crean redes que funcionan como filtros para el agua que pasa, deteniendo los sedimentos dañinos para los arrecifes. Así protegen la costa de la erosión, daños en tormentas y las olas, mientras crean un hábitat protegido para cocodrilos, aves, peces, entre otras especies.

Desafortunadamente, los manglares a nivel mundial se están destruyendo para el desarrollo de infraestructura turística. Así como la agricultura comercial del camarón, que destruye los manglares al crear cultivos reproductivos, que secan las vías navegables y las lagunas. Uno de los estatutos de Boca de Iguanas es trabajar en conjunto con grupos de conservación ecológica para investigar y estudiar el impacto en estos delicados ecosistemas y encontrar soluciones para mantenerlos vivos. Siendo un eco-hotel, este proyecto pretende utilizar los manglares existentes como un ambiente de investigación para buscar soluciones sustentables que pueden ser introducidos a nivel mundial en otros sistemas en peligro de extinción.

La destrucción de los manglares afecta el ecosistema forestal acuático que alberga cadenas alimenticias que forman parte de la costa y de los arrecifes, y afecta múltiples comunidades, humanas y animales.